يتم تعيين أعضاء المجلس الأعلى بقرار من مدير عام الإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة، ويصدر قرار التعيين من مدير عام الإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة، وذلك على النحو
التالي:

• مدير عام الإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة    رئيساً.
• مدير عام الإدارة العامة للشؤون الإدارية والمالية بالخدمات الطبية   عضواً.
• مساعد مدير عام الإدارة العامة للخدمات الطبية للشؤون الأكاديمية   عضواً.
• قائد/عميد كلية الأمير سلطان العسكرية للعلوم الصحية   أميناً.
• اثنين من ذوي الخبرة والأختصاص من أعضاء هيئة التدريس بالجامعات ومؤسسات التعليم العالي الأخرى بدرجة أستاذ مشارك على الأقل يختارهما رئيس المجلس لمدة ثلاث سنوات   عضواً.
• ممثل وزارة التعليم ويكون اختياره لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد   عضوَاً.

مع التقيد بما يقضي به نظام مجلس التعليم العالي والجامعات ولوائحه، يتولى المجلس الأعلى للكلية الاشراف على الشؤون الاكاديمية والبحثية والمالية والادارية والمجتمعية، وإقرار السياسة العامة للكلية، وله على وجه الخصوص الصالحيات التالية:

• رسم سياسة الكلية بما ينسجم والسياسة العامة للادارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة وتحقيق رؤيتها وأهدافها الاستراتيجية وخططها التشغيلية.
• تحديد الاهداف العامة للكلية انطلاقا من رؤيتها ورسالتها
• إقرار جميع لوائح الكلية.
• اعتماد الخطة الاستراتيجية للكلية.
• إقرار القواعد المنظمة للاستثمار وتعزيز الموارد الذاتية للكلية.
• إقرار القواعد الخاصة بإصدار الدوريات العلمية.
• اعتماد التقرير السنوي للكلية.
• اعتماد الدرجات العلمية التي يقترحها مجلس الكلية.
• رسم السياسات العامة للقبول بالكلية.
• اقتراح إنشاء فروع للكلية وأقسام وبرامج ومراكز بحث ووكالات، و اقتراح تعديل أسمائها أو دمجها أو إلغائها والرفع بذلك لصاحب الصالحية للموافقة.
• منح الدكتوراه الفخرية.
• إقرار القواعد المنظمة للبحث العلمي والإبتكار والتأليف والترجمة والنشر.
• الموافقة على مشروع الميزانية التقديرية للكلية.
• مناقشة الحساب الختامي للكلية.
• قبول التبرعات والهبات والوصايا وغييرها على ألايتعارض ذلك مع الغرض الأساسي الذي أنشأته الكلية من أجله.
• النظر في الموضوعات التي يحيلها إليه رئيس المجلس أو قائد/عميد الكلية أو التي يقترح أي عضو من أعضاء المجلس عرضها.
• يجوزللمجلس تفويض بعض صالحياته إلي رئيس المجلس أو قائد/عميد الكلية أو أي مجالس أو لجان أخرى بالكلية.
• تقوم الجهة التنفيذية بالكلية باتخاذ جميع إجراءات التنفيذات ذات الصلة.
• إنجاز المهام الموكلة إليه وفق الانظمة.
• يجوز للمجلس الاستعانة بمن يراه مناسباً.
• يجوزللمجلس تشكيل لجان دائمة أو مؤقتة من بين أعضائه أوغيهم للقيام بمهام يكلفهم بها.